牙周病的药物治疗主要包括局部用药和全身用药两种方式。局部用药常用的有含漱液（如氯己定）、局部涂抹药物（如米诺环素软膏）以及牙周袋内缓释药物（如甲硝唑凝胶）。全身用药通常用于控制急性感染或辅助治疗，常用药物包括抗生素（如阿莫西林、甲硝唑）和非甾体抗炎药（如布洛芬）。药物治疗需结合机械治疗（如洁治和刮治）才能达到最佳效果，同时应避免滥用抗生素以防止耐药性产生。