在土地增值税清算过程中，普遍存在收入确认不准确、成本分摊不合理、扣除项目不完整等问题。部分企业通过关联交易转移收入或虚增成本，导致税款流失；同时，由于政策执行标准不统一，不同地区对清算口径的把握存在差异，容易引发税企争议。此外，部分项目因历史资料缺失或财务核算不规范，导致成本凭证不足，影响清算进度和准确性。针对这些问题，需加强政策执行监督，完善成本分摊机制，并推动信息化建设以提高数据质量。