007房地产企业在土地增值税清算工作中存在的主要问题包括：一是土地成本分摊方法不够合理，导致部分项目税负偏高；二是开发周期较长，期间政策变动频繁，增加了清算难度；三是部分历史项目资料缺失，影响成本核算准确性；四是与税务机关对政策理解存在分歧，容易产生争议。建议企业完善成本分摊机制，建立动态政策跟踪体系，加强项目档案管理，并提前与税务部门沟通政策执行口径，必要时寻求专业机构协助，以降低税务风险，提高清算效率。