当前土地增值税清算管理中存在的主要问题包括：一是部分企业通过虚增成本、转移利润等方式逃避纳税义务；二是税务机关清算审核力量不足，专业人才缺乏；三是跨区域项目清算标准不统一，存在地区差异；四是信息化建设滞后，数据共享不畅。建议从以下方面改进：首先，完善清算政策，细化成本扣除标准；其次，加强税务队伍建设，培养专业清算人才；第三，推进全国统一的清算管理系统建设；最后，强化部门协作，建立与住建、自然资源等部门的信息共享机制。