当前土地增值税清算过程中存在的主要问题包括：一是清算周期长、流程复杂，导致企业资金占用压力大；二是部分地方政策执行标准不统一，存在自由裁量空间；三是成本分摊方法存在争议，特别是对共同成本的分摊缺乏明确依据；四是部分企业通过关联交易转移利润，逃避纳税义务；五是税务机关与纳税人信息不对称，影响清算效率。针对这些问题，建议从优化清算流程、统一政策执行标准、完善成本分摊机制、加强关联交易监管、推进信息化建设等方面着手改进，以提高清算效率和公平性。