政府机构改革过程中存在职能交叉、权责不清的问题，导致部门之间推诿扯皮、效率低下。一些部门职能设置重叠，同一事项多头管理，既增加了行政成本，又降低了服务效能。同时，部分机构改革缺乏系统性规划，存在"头痛医头、脚痛医脚"的现象，未能从根本上理顺体制机制。此外，改革过程中人员分流安置难度大，既得利益群体的阻力也不容忽视，这些都制约着改革成效的发挥。