分子动力学理论基础的核心在于通过数值方法求解牛顿运动方程来模拟原子或分子的运动轨迹。该方法基于经典力学框架，假设粒子间相互作用遵循势能函数（如Lennard-Jones势、库仑势等），通过积分算法（如Verlet、Velocity-Verlet等）迭代更新体系内各粒子的位置和速度。统计力学原理（如系综理论）将微观动力学与宏观热力学性质联系起来，而周期性边界条件和截断半径等技巧用于处理有限尺寸效应。分子动力学模拟的时间尺度通常在纳秒至微秒量级，其准确性高度依赖于力场参数的可靠性。