分子动力学（MolecularDynamics，简称MD）是一种计算机模拟方法，用于研究原子和分子的运动规律。该方法通过数值求解牛顿运动方程，模拟粒子在给定势能场中的运动轨迹，从而揭示体系的动态行为和热力学性质。分子动力学广泛应用于物理、化学、生物和材料科学等领域，能够模拟从简单液体到复杂生物大分子的各种体系。分子动力学模拟的基本步骤包括：1）定义体系，包括原子类型、初始坐标和边界条件；2）选择适当的力场描述原子间相互作用；3）数值积分运动方程；4）分析轨迹数据获取结构、动力学和热力学信息。模拟的时间尺度通常在皮秒到微秒量级，空间尺度可达数百万个原子。随着计算机技术的发展，分子动力学已成为理论研究和实验研究的重要补充工具，能够提供原子尺度的动态细节，帮助理解各种微观机制。
