行政部门常用的公文格式主要包括函、请示和申请三种类型。函通常用于平行或不相隶属机关之间的工作联系和事项商洽，格式较为简洁，注重礼貌用语。请示是下级机关向上级机关请求指示或批准事项时使用的上行文，需要写明请示缘由、事项及建议。申请则是个人或单位向有关部门提出请求的文书，要求写明申请事项、理由及具体诉求。这三种公文都需要遵循规范的格式要求，包括标题、主送机关、正文、结尾用语、发文机关和日期等要素，语言需严谨准确，体现行政公文的规范性和权威性。