总公司与分公司合作协议是规范总公司与其下属分公司之间权利义务关系的法律文件。该协议明确双方在经营管理、财务分配、业务协作等方面的合作框架，确保分公司在总公司的统一指导下开展业务活动。协议内容通常包括合作范围、管理权限、利润分配、知识产权归属、保密条款、违约责任等核心条款，为双方提供清晰的法律依据和操作准则，保障集团化运营的合法性与稳定性。