祁宝玉教授在眼科方药领域有着深厚的造诣和独到的见解。他主张辨证与辨病相结合，注重整体调理与局部治疗并重。在用药方面，他善于将传统眼科用药与现代药理研究相结合，尤其擅长运用活血化瘀、疏肝明目类药物治疗眼底病变。对于常见眼病如青光眼、白内障、视网膜病变等，他总结出一套行之有效的方药配伍规律，强调根据患者体质和病情变化灵活调整用药。在临床实践中，他特别重视中药对眼组织的靶向作用，并注重药物配伍的协同效应，形成了特色鲜明的眼科用药体系。