非营利组织与政府财务管理在运作机制和资金来源上存在显著差异。非营利组织主要依靠捐赠、会费和项目资助等非政府渠道获取资金，其财务管理更注重透明度和问责制，以确保资金用于公益目的。而政府财务管理则以税收为主要收入来源，遵循严格的预算制度和公共财政规范，强调资金分配的公平性和效率。两者都需要建立完善的财务监督体系，但非营利组织通常面临更大的资金不稳定性和外部审计压力。有效的财务管理对非营利组织和政府实现各自的社会使命至关重要。