电子数据证据在收集过程中面临诸多问题，主要包括数据易篡改、存储介质易损坏、来源真实性难以确认等。由于电子数据具有无形性和易逝性，收集时若操作不当可能导致证据灭失或效力受损。此外，不同设备和系统产生的数据格式差异大，给统一取证带来困难。针对这些问题，应采取规范取证流程、使用专业工具、及时固定数据、全程记录操作等措施，确保证据的完整性和合法性。同时应加强技术人员培训，提高电子数据取证能力。