保护性碱基是在DNA合成或PCR扩增过程中，在引物的5'端额外添加的一段碱基序列。这些碱基本身不参与目标序列的配对，主要作用是提高酶切效率或方便后续克隆操作。常见于需要限制性内切酶处理的实验中，因为某些限制酶在切割DNA末端时需要额外的碱基才能有效发挥作用。保护性碱基的长度通常为2-3个碱基，具体选择取决于所使用的限制酶的特性和实验需求。