南京长江隧道工程作为国家重点基础设施项目，其施工过程中面临复杂的地质条件和地下水渗流问题。非稳定渗流条件下的基坑变形分析是确保工程安全的关键环节。本分析针对长江漫滩软土地层特性，结合地下水动态变化特征，采用流固耦合理论建立三维有限元模型，研究基坑开挖过程中孔隙水压力消散、支护结构受力与周边土体变形的时空演化规律。重点探讨渗透系数各向异性、降水速率与开挖步序的协同作用对基坑变形的影响机制，提出基于变形控制的优化施工参数，为类似地质条件下的深基坑工程提供理论依据和工程借鉴。研究成果已成功应用于该工程风险段施工，有效控制了基坑最大水平位移（＜0.3%H），保障了隧道主体结构的安全建设。