在桩基设计中，当长桩的持力层下方存在软弱下卧层时，基础的沉降问题需要特别关注。软弱下卧层的存在可能导致桩基的沉降量增大，甚至引发不均匀沉降，影响上部结构的安全性和使用性能。因此，在设计过程中，必须对软弱下卧层的压缩性、厚度及其对桩基沉降的影响进行详细分析和计算，以确保基础设计的合理性和可靠性。