工程公司财务管理制度应增加以下内容：关于项目成本核算的规定：所有工程项目必须建立独立的成本核算体系，按项目编号进行明细核算。项目成本应包括直接材料费、人工费、机械使用费及其他直接费用，同时合理分摊间接费用。财务部门应每月编制项目成本报表，与预算进行对比分析，及时发现并控制成本超支情况。项目完工后须进行成本决算，分析项目盈亏原因，并将相关数据归档保存。重大成本变更必须经项目经理和财务负责人共同审批。