工程部档案管理制度应增加以下内容：档案借阅管理流程。具体描述如下：工程部档案借阅需填写《档案借阅申请表》，经部门负责人审批后方可借阅。借阅期限不超过7个工作日，如需延期需重新申请。借阅人应妥善保管档案资料，不得涂改、损毁或转借他人。归还时档案管理员需检查档案完整性并做好登记。涉密档案借阅需经分管领导批准，并限定在指定场所查阅。