重大危险源的管理制度应当包括对危险源的辨识、评估、监控和应急响应等关键环节。企业应定期组织专业人员对重大危险源进行全面辨识和风险评估，确保所有潜在危险因素得到有效识别。同时，建立动态监控系统，实时掌握危险源状态变化，并配备必要的安全防护设施。针对不同等级的危险源，制定相应的应急预案，定期组织演练，确保在紧急情况下能够快速、有效地采取应对措施。此外，企业还应明确各级管理人员和操作人员的责任，加强安全培训，提高全员安全意识，形成全员参与、齐抓共管的安全管理格局。