课题研究合作协议书是合作双方在进行科研项目研究时，为明确各自的权利、义务和责任而签订的法律文件。该协议书通常包括合作背景、研究内容、分工安排、经费使用、知识产权归属、成果分享、保密条款、违约责任等内容，旨在规范双方的合作行为，保障项目顺利实施。通过签署协议，双方可以明确各自职责，避免后续纠纷，确保研究成果的合法性和有效性。