口腔科医院感染中存在的主要问题包括器械消毒不彻底、手卫生执行不到位、医疗废物处理不规范以及空气和物体表面清洁消毒不彻底等。这些问题的存在可能导致患者之间或医患之间的交叉感染，增加院内感染风险。针对这些问题，应采取以下对策：加强器械消毒灭菌管理，确保消毒流程规范；严格执行手卫生制度，提高医务人员手卫生依从性；规范医疗废物分类、收集和处理流程；定期对诊疗环境进行清洁消毒，并加强监测。此外，还应加强医务人员感染防控知识培训，提高全员防控意识，建立健全感染管理制度和监督机制，确保各项防控措施落实到位。