Ligplot是一款用于可视化蛋白质-配体相互作用图的软件，由欧洲生物信息学研究所（EBI）开发。它能够生成高质量的二维相互作用图，展示氢键、疏水相互作用等关键信息，广泛应用于结构生物学和药物设计领域。2011年发布的版本在稳定性和兼容性方面表现良好，适用于Windows和Linux系统。安装步骤：1.从EBI官网下载Ligplot的压缩包2.解压文件到指定目录3.确保系统已安装Perl环境（Ligplot基于Perl开发）4.对于Windows用户，可能需要配置环境变量使用方法：1.准备PDB格式的蛋白质-配体复合物文件2.运行Ligplot主程序3.通过命令行或图形界面指定输入文件4.设置输出参数（如图像格式、分辨率等）5.生成并保存相互作用图注意事项：-输入文件需要包含氢原子信息-配体分子应在PDB文件中明确标识-对于复杂体系，可能需要手动调整输出结果Ligplot的简洁输出和自动化处理使其成为研究分子相互作用的常用工具，特别适合快速分析大量复合物结构。2011版本虽然较旧，但核心功能完善，能满足基本科研需求。
