直系同源基因的识别方法与数据库研究是生物信息学领域的重要课题。直系同源基因指在不同物种中由共同祖先基因垂直遗传下来的基因，对理解基因功能演化和物种分化具有重要意义。杨婧的研究主要探讨了识别直系同源基因的计算方法和常用数据库资源。研究方法包括基于序列相似性的BLAST比对、基于系统发育树的分析方法，以及整合多组学数据的综合预测方法。常用的数据库包括OrthoDB、EnsemblCompara、OMA等，这些数据库提供了不同物种间直系同源基因的注释信息。该研究为进化生物学、功能基因组学等领域提供了重要的理论基础和工具支持，有助于深入理解基因功能在进化过程中的保守性与多样性。