南京市政府投资项目的审批流程主要包括项目建议书、可行性研究报告和初步设计三个关键环节。项目建议书是项目立项的基础文件，主要阐述项目建设的必要性、建设内容、规模及投资估算等，需提交市发展改革部门审批。可行性研究报告在项目建议书获批后编制，需对项目技术可行性、经济合理性、社会效益等进行全面论证，通过专家评审后由市发展改革部门核准。初步设计是根据可行性研究报告批复意见编制的具体实施方案，包括工程设计图纸、概算等内容，需报市建设主管部门审批。这三个环节的审批严格执行国家及地方相关规定，确保政府投资项目决策科学、程序规范、实施有效。