启动子与起始密码子、终止子与终止密码子的区别如下：启动子是DNA分子上的一段特定序列，位于基因的上游区域，负责调控基因的转录过程。它是RNA聚合酶识别和结合的位点，启动转录的开始。启动子本身不编码蛋白质，仅作为调控元件发挥作用。起始密码子是mRNA上的特定三联体密码子（通常是AUG），标志着蛋白质翻译的起始点。它编码甲硫氨酸（在原核生物中为甲酰甲硫氨酸），是蛋白质合成的第一个氨基酸。起始密码子位于编码序列的开端，直接参与蛋白质的合成过程。终止子是DNA分子上的一段特定序列，位于基因的下游区域，负责终止转录过程。它通过特定的信号使RNA聚合酶从DNA模板上脱离，结束转录。终止子本身不编码蛋白质，仅作为转录终止的信号。终止密码子是mRNA上的特定三联体密码子（UAA、UAG或UGA），标志着蛋白质翻译的终止点。它不编码任何氨基酸，而是作为信号使核糖体释放新合成的多肽链，结束翻译过程。终止密码子位于编码序列的末端，直接参与蛋白质合成的终止。总结来说，启动子和终止子是DNA上的调控序列，参与转录的起始和终止；而起始密码子和终止密码子是mRNA上的编码序列，参与翻译的起始和终止。它们在功能、位置和分子机制上都有明显的区别。
