基本医疗保险企业版（社保所）软件报销操作流程中，在提交报销申请后，系统会自动进行初步审核。审核通过后，报销款项将在规定工作日内转入企业指定的银行账户。企业需确保银行账户信息准确无误，并可在系统中查询报销进度和结果。如审核不通过，系统会提示具体原因，企业需根据提示修改后重新提交申请。